Al configurar FlowServer, éste escaneará los directorios compartidos en busca de contenidos de música, imágenes y vídeos y extraerá automáticamente todos los metadatos disponibles de una amplia variedad de formatos de contenido. Las listas de reproducción creadas con aplicaciones de terceros como iTunes, Winamp o el Windows Media Player también pueden ser importadas.

A partir de los metadatos disponibles, FlowSever crea automáticamente un árbol de navegación. A diferencia de otros servidores de medios que sólo proporcionan una estructura de navegación única y fija, FlowServer ofrece la posibilidad de elegir entre tres árboles de navegación predefinidos que responden a diferentes necesidades:

1. Árbol de navegación simple - organiza el contenido en una estructura plana, apoyando al artista, álbum, género y carpetas
2. Árbol de navegación similar al del iPod - incluye navegación basada en el compositor y un árbol más estructurado que incluye artista/álbum y género/artista/álbum
3. Árbol de navegación avanzada - debe utilizarse con bibliotecas de medios muy grandes y proporciona un índice de artistas y géneros (agrupados en a-c, d-f, etc.) así como el año/artista/álbum además de las estructuras anteriores.